Về địa điểm nộp thuế, Thông tư nêu rõ, người nộp thuế thực hiện nộp tiền thuế trực tiếp vào Kho bạc Nhà nước hoặc tại tổ chức tín dụng.

Trường hợp người nộp thuế nộp tiền thuế bằng tiền mặt nhưng Kho bạc Nhà nước hoặc các tổ chức tín dụng không tổ chức điểm thu tại địa điểm làm thủ tục hải quan thì cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan thực hiện thu số tiền thuế do người nộp thuế nộp và chuyển toàn bộ số tiền thuế đã thu vào tài khoản thu ngân sách của Kho bạc Nhà nước mở tại ngân hàng thương mại theo quy định.

Trường hợp tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan, người nộp thuế có nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và tiền thu khác tại các cơ quan hải quan khác và muốn nộp ngay số tiền nợ đó tại cơ quan hải quan nơi đang làm thủ tục hải quan; người nộp thuế tự khai báo và nộp tiền tại điểm thu của Kho bạc nhà nước, tổ chức tín dụng hoặc cho cơ quan hải quan nơi làm thủ tục (nếu Kho bạc Nhà nước không bố trí điểm thu).

Trường hợp thu hộ tiền thuế, Chi cục hải quan nơi thu hộ có trách nhiệm fax biên lai thu thuế cho Chi cục hải quan nơi doanh nghiệp nợ thuế để Chi cục hải quan nơi doanh nghiệp nợ thuế có văn bản nhờ thu hộ và xử lý theo quy định.

Về hình thức nộp thuế, người nộp thuế được lựa chọn nộp tiền thuế bằng chuyển khoản hoặc bằng tiền mặt. Một Bảng kê nộp thuế, một giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước được sử dụng để nộp tiền thuế cho một hoặc nhiều tờ khai hải quan.

Thông tư cũng hướng dẫn cụ thể về nộp thuế qua các tổ chức tín dụng có ký kết thỏa thuận phối hợp thu ngân sách nhà nước với Tổng cục Hải quan; Nộp thuế qua tổ chức tín dụng chưa tham gia phối hợp thu ngân sách nhà nước với Tổng cục Hải quan; Nộp thuế trực tiếp tại Kho bạc Nhà nước; Quy định về việc nộp thuế bằng tiền mặt trực tiếp tại cơ quan hải quan và thời hạn chuyển tiền từ tài khoản tiền gửi của cơ quan hải quan vào ngân sách nhà nước.

Thông tư có hiệu lực thi hành từ ngày 01/10/2014.