Theo Tổng cục Hải quan, tại Khoản 1 Điều 39 và điểm a Khoản 2 Điều 127 Thông tư 128/2013/TT-BTC quy định:

“1. Nguyên tắc quyết toán: a) Tờ khai nhập khẩu nguyên liệu, vật tư phải có trước tờ khai xuất khẩu sản phẩm. b) Một tờ khai nhập khẩu nguyên liệu, vật tư có thể được sử dụng để quyết toán nhiều lần. c) Một tờ khai xuất khẩu chỉ được sử dụng để quyết toán một lần”.

“2. Thời hạn nộp hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế (áp dụng đối với cả các trường hợp có mức thuế suất thuế nhập khẩu, xuất khẩu là 0%): a.2) Trường hợp chưa nộp đủ các loại thuế (áp dụng đối với cả các trường hợp có mức thuế suất thuế nhập khẩu, xuất khẩu là 0%):

Thời hạn nộp bộ hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế chậm nhất sau 60 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai hàng hoá xuất khẩu cuối cùng đối với hàng hóa thuộc tờ khai nhập khẩu đề nghị hoàn thuế, không thu thuế đối với trường hợp hoàn thuế, không thu thuế nhập khẩu hoặc tờ khai nhập khẩu cuối cùng hàng hóa thuộc tờ khai xuất khẩu đề nghị hoàn thuế, không thu thuế đối với trường hợp hoàn thuế, không thu thuế xuất khẩu”.

Theo quy định trên, thời hạn nộp hồ sơ quyết toán hoàn thuế, không thu thuế NK chậm nhất là 60 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai XK cuối cùng của hàng hóa thuộc tờ khai NK đề nghị hoàn thuế, không thu thuế.

Trường hợp Công ty TNHH VKX đề nghị tính thời hạn nộp hồ sơ quyết toán, hoàn thuế, không thu thuế theo tờ khai XK cuối cùng đối với bộ tờ khai NK là không phù hợp.

Trường hợp Công ty NK hàng hóa để sản xuất hàng hóa XK nếu được áp dụng thời hạn nộp thuế 275 kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan và đã XK hàng hóa trong thời hạn nộp thuế thì thực hiện thời hạn nộp hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế theo hướng dẫn của Bộ Tài chính tại Công văn 6394/BTC-TCHQ ngày 15-5-2014.