Theo ông Phan Vinh Quang- Trưởng nhóm Pháp lý, thể chế và năng lực cạnh tranh dự án USAID GIG- Việt Nam đang đứng ở vị trí 65 về mức độ tạo điều kiện thuận lợi cho thương mại biên giới. Thời gian làm thủ tục XNK ở Việt Nam cho một container hàng hóa mất khoảng 21 ngày, trong khi thời gian này ở Singapore chỉ mất 6 ngày, Malaysia 11 ngày, trung bình ở các nước ASEAN chỉ 14 ngày. 
Kết quả khảo sát của USAID GIG tại một số doanh nghiệp (DN) và cơ quan kiểm tra chuyên ngành tại 6 tỉnh, thành phố cho thấy, danh mục quản lý chuyên ngành đối với hàng hóa XNK quá nhiều và chưa quy định rõ, nhiều mặt hàng thuộc danh mục chưa ban hành quy chuẩn nên không có căn cứ để kiểm tra, cùng một mặt hàng nhưng có nhiều bộ quản lý… 
Nhiều DN cho biết, việc đơn giản hóa thủ tục của cơ quan quản lý đã tháo gỡ được nhiều vướng mắc, khó khăn cho DN, nhưng bên cạnh đó lại phát sinh ra những quy định mới, tạo ra nhiều rào cản mới. 
Ông Lê Minh- đại diện Công ty xuất khẩu Minh Phú- cho biết, gần đây, việc triển khai thông quan điện tử đang hoạt động rất tốt, nhưng cũng gây nhiều khó khăn cho DN. Cụ thể, DN được xếp vào luồng xanh, tức là được miễn kiểm tra hồ sơ trên giấy và miễn kiểm tra thực tế hàng hóa. Khi lô hàng được hải quan chấp nhận thông quan thì sẽ chuyển sang in tờ khai trên hệ thống của mình để nhận hàng. Nhưng trong thực tế, để thực hiện hoàn tất quy trình này, DN mất nhiều thời gian làm thủ tục không khác gì DN ở luồng đỏ, DN vẫn phải đến hải quan đăng ký, đến cơ quan thuế xác nhận, mới lấy được hàng…

Theo một doanh nhân, DN đã nộp thuế qua ngân hàng nhưng hệ thống hải quan trên mạng vẫn chưa gỡ bỏ việc nợ thuế, bắt buộc DN phải chờ tiền vào tài khoản của hải quan, rồi hải quan làm tờ trình lãnh đạo duyệt với thời gian từ 24- 48 giờ thì hệ thống trên mạng mới xóa nợ. Khi đó, DN mới có thể đăng ký các tờ khai mới để được hưởng quy định ân hạn nộp thuế… Vì vậy, hàng hóa tiếp tục nằm chờ ở cảng thêm vài ngày, tốn phí lưu cảng… 
Theo đánh giá của các chuyên gia, đã đến lúc Việt Nam cần nhanh chóng đơn giản hóa thủ tục hải quan. Đặc biệt, cần đẩy mạnh việc cho phép nộp và xử lý hồ sơ điện tử, kết nối các cơ quan thông qua cơ chế một cửa duy nhất; vượt qua các rào cản về địa lý để hướng tới sự hợp tác trong khu vực và tăng cường minh bạch để giảm chi phí. Bởi, Việt Nam là nền kinh tế rất mở với kim ngạch xuất nhập khẩu gần 300 tỷ USD/năm, do vậy, nếu giảm được chi phí, thời gian thông quan hàng hóa thì tác động mang lại cực kỳ lớn. 
Bà Đặng Bình An- chuyên gia tư vấn của USAID GIG- nói: "Để đơn giản hóa thủ tục quản lý chuyên ngành đối với hàng hóa XNK, các bộ, ngành cần rà soát lại danh mục hàng hóa cần kiểm tra chuyên ngành để giảm tới mức tối thiểu các loại hàng hóa cần kiểm tra từ khoảng 60- 70% xuống còn 30%".