Bên cạnh đó, trong nhiều trường hợp, người mua nhà sau một thời gian dài mới bán đi sẽ càng khó xác định giá vốn. Vì vậy, việc áp dụng mức thuế 25% trên số tiền chênh lệch giữa giá vốn cá nhân mua trước đó và giá họ bán lại là rất phức tạp, có thể làm phát sinh tiêu cực trong việc xác định và kê khai thuế, thu thuế.

Mặt khác, theo Bộ Xây dựng nếu vẫn áp dụng cả hai mức thuế suất 2% và 25% sẽ xảy ra các trường hợp mua bán nhà, đất tương tự nhau tại cùng một khu vực, do cùng một cơ quan thuế giải quyết nhưng áp dụng hai mức thuế khác nhau. Điều này dẫn đến sự nhìn nhận khác nhau từ phía người dân, không đảm bảo được sự đồng bộ, bình đẳng khi tính thuế.