Theo hướng dẫn của Bộ Tài chính, đối với DN từ năm 2009 về trước đã đăng ký hưởng ưu đãi miễn, giảm thuế TNDN thì từ năm tài chính 2009 theo hướng dẫn tại công văn 10997/BTC-CST ngày 8-9-2006 của Bộ Tài chính (về việc ưu đãi thuế TNDN đối với tổ chức niêm yết chứng khoán nhưng chưa kê khai giảm 50% thuế TNDN do niêm yết chứng khoán lần đầu giai đoạn từ 2004-2006) thì từ năm tài chính 2009 DN không được hưởng ưu đãi phần thuế TNDN theo trường hợp này.
Trường hợp từ năm 2009 là năm đầu tiên DN đã kê khai giảm 50% thuế TNDN do niêm yết chứng khoán lần đầu thì DN phải kê khai điều chỉnh nộp NSNN số thuế TNDN đã kê khai giảm 50%. Các DN không bị xử phạt về hành vi khai sai, chậm nộp thuế hoặc nộp tiền chậm nộp thuế đối với số thuế đã kê khai giảm thuế.
Từ năm 2014 nếu DN vẫn kê khai giảm 50% thuế TNDN do niêm yết chứng khoán lần đầu giai đoạn 2004-2006 sẽ bị truy thu số thuế TNDN đã kê khai giảm 50% và bị xử lý về hành vi khai sai thuế TNDN theo quy định pháp luật về xử lý vi phạm hành chính về thuế.
