Theo quy định tại khoản 2 Điều 25 Thông tư 22/2014/TT-BTC thì thủ tục hải quan đối với hàng hóa XNK thực hiện dự án đầu tư miễn thuế thực hiện theo quy định tại Chương II Thông tư 22 và Điều 101, 102 Thông tư 128/2013/TT-BTC, đồng thời khai thác các thông tin liên quan của Danh mục hàng hóa đã được miễn thuế trên Hệ thống VNACCS, hệ thống tự động trừ lùi số lượng hàng hóa tương ứng với số lượng hàng hóa trong Danh mục miễn thuế.

Căn cứ các quy định trên, trường hợp DN không đăng ký Danh mục miễn thuế trên Hệ thống VNACCS thì không thực hiện trừ lùi được trên Hệ thống VNACCS.

Cơ quan Hải quan nơi DN mở tờ khai NK hàng hóa miễn thuế thực hiện trừ lùi trên Danh mục miễn thuế đã được đăng ký theo quy định tại Thông tư 128/2013/TT-BTC, hướng dẫn tại điểm 3 công văn 6498/BTC-TCHQ, công văn 5854/TCHQ-TXNK.

Theo đó, Tổng cục Hải quan hướng dẫn DN khi khai báo hàng hóa NK miễn thuế trên Hệ thống VNACCS, DN khai các chỉ tiêu liên quan đến Danh mục miễn thuế như sau: để trống chỉ tiêu Số danh mục miễn thuế NK, để trống chỉ tiêu số thứ tự dòng tương ứng trong danh mục miễn thuế NK.

Đồng thời khai mã miễn thuế NK tương ứng đối với chỉ tiêu mã miễn/giảm/không chịu thuế NK (mã hàng NK, XK tại các Bảng mã miễn thuế XK, NK dùng trên VNACCS được đăng tải trên website Tổng cục Hải quan) và khai số danh mục miễn thuế đã được đăng ký tại chỉ tiêu ghi chú.