Ngay sau Quyết định số 222/2005/QĐ-TTg (năm 2005) của Thủ tướng Chính phủ, kế hoạch chuẩn bị và triển khai thí điểm hải quan điện tử ở nước ta bắt đầu khởi động từ năm 2007, và đến tháng 10-2011 Tổng cục Hải quan đã báo cáo Bộ Tài chính để trình Chính phủ việc kết thúc giai đoạn thí điểm, chính thức triển khai hải quan điện tử trên toàn quốc từ năm 2012 này.Đây quả là một chặng đường dài với nhiều nỗ lực xét trên hoàn cảnh Việt Nam là một nước đang phát triển với những sự thiếu thốn về cơ sở vật chất cũng như kỹ thuật và hạ tầng công nghệ thông tin. Thêm vào đó, Việt Nam thuộc vào nhóm các nước có tốc độ tăng trưởng kinh tế cao nhất thế giới, điều này đồng nghĩa với việc hệ thống bến cảng và dịch vụ hải quan chịu những sức ép rất lớn làm trầm trọng thêm những mặt yếu kém. Trong khi việc tái cơ cấu, cải tạo hay xây dựng các cảng sông, cảng biển, cảng hàng không hay các cửa khẩu đang được thực hiện khẩn trương thì việc cải tiến hoạt động để chuyển từng phần hay toàn bộ hải quan truyền thống sang hải quan điện tử trở thành một trong các “nhân tố then chốt” khả dĩ hỗ trợ hay kìm hãm sự phát triển của nền kinh tế.Bản báo cáo của Tổng cục Hải quan cho thấy tính đến tháng 4 vừa qua việc thí điểm và thí điểm mở rộng đã thiết lập được hệ thống thông quan điện tử tại hầu hết các cảng thuộc 20 cục hải quan quan trọng như TPHCM, Hải Phòng, Đồng Nai, Bà Rịa-Vũng Tàu, Bình Dương và Hà Nội. Tại đó chữ ký số đã được áp dụng trong việc truyền nhận dữ liệu. Tổng cục Hải quan đã hoàn thành cổng thanh toán điện tử và kết nối với các ngân hàng bằng đường truyền tốc độ cao. Tính đến 30-4, ngành hải quan đã tiếp nhận 267.021 tờ khai điện tử và thu phí hải quan lên đến 44.341 tỉ đồng qua đường thanh toán điện tử. Song song với việc thí điểm, thí điểm mở rộng và kiện toàn tổ chức theo từng đơn vị là quá trình nội luật hóa các chuẩn mực và thông lệ hải quan quốc tế.
Quá trình này sẽ còn tiến xa hơn nữa với kế hoạch thông quan tàu điện tử trong giai đoạn 2012-2013 và triển khai dự án thông quan tự động và cơ chế một cửa quốc gia gọi tắt là VNACCS do Nhật Bản tài trợ trong hai năm 2014 và 2015.
