Về nguồn gốc, thương mại điện tử được xem như là điều kiện thuận lợi của các giao dịch thương mại điện tử, sử dụng công nghệ như EDI và EFT. Cả hai công nghệ này đều được giới thiệu thập niên 70, cho phép các doanh nghiệp gửi các hợp đồng điện tử như đơn đặt hàng hay hóa đơn điện tử. Sự phát triển và chấp nhận của thẻ tín dụng, máy rút tiền tự động (ATM) và ngân hàng điện thoại vào thập niên 80 cũng đã hình thành nên thương mại điện tử. Một dạng thương mại điện tử khác là hệ thống đặt vé máy bay bởiSabre ở Mỹ và Travicom ở Anh.
Vào thập niên 90, thương mại điện tử bao gồm các hệ thống hoạch định tài nguyên doanh nghiệp (ERP), khai thác dữ liệu và kho dữ liệu.
Năm 1990, Tim Berners-Lee phát minh ra WorldWideWeb trình duyệt web và chuyển mạng thông tin liên lạc giáo dục thành mạng toàn cầu được gọi là Internet (www). Các công ty thương mại trên Internet bị cấm bởi NSF cho đến năm 1995.[3] Mặc dù Internet trở nên phổ biến khắp thế giới vào khoảng năm 1994 với sự đề nghị của trình duyệt web Mosaic, nhưng phải mất tới 5 năm để giới thiệu các giao thức bảo mật (mã hóa SSL trên trình duyệt Netscape vào cuối năm 1994) và DSL cho phép kết nối Internet liên tục. Vào cuối năm 2000, nhiều công ty kinh doanh ở Mỹ và Châu Âu đã thiết lập các dịch vụ thông qua World Wide Web. Từ đó con người bắt đầu có mối liên hệ với từ "ecommerce" với quyền trao đổi các loại hàng hóa khác nhau thông qua Internet dùng các giao thức bảo mật và dịch vụ thanh toán điện tử.
Mốc thời gian
Trụ sở công ty Ebay ở San Jose, một công ty kinh doanh chuyên về lĩnh vực thương mại điện tử với cổng thanh toánPaypal nổi tiếng.
Các mốc thời gian về sự phát triển của thương mại điện tử như sau:
1979: Michael Aldrich phát minh mua sắm trực tuyến.
1982: Minitel được giới thiệu tại Pháp thông qua France Telecom và sử dụng để đặt hàng trực tuyến.
1984: Gateshead SIS/Tescolà trang mua bán trực tuyến dạng B2C đầu tiên và bà Snowball, 72 tuổi, là khách hàng mua hàng trực tuyến đầu tiên.
1984: Tháng 4 năm 1984, CompuServe ra mắt Trung tâm Mua sắm Điện tử ở Mỹ và Canada. Đây là dịch vụ thương mại điện tử đầu tiên toàn diện.
1990: Tim Berners-Lee xây dựng trình duyệt đầu tiên, WorldWideWeb, sử máy máy NeXT.
1992: Terry Brownell ra mắt hệ thống bảng Bulletin cửa hàng trực tuyến dùng RoboBOARD/FX.
1994: Netscape tung trình duyệt Navigator vào tháng 10 với tên là Mozilla. Pizza Hut đặt hàng trên trang web này. Ngân hàng trực tuyến đầu tiên được mở. Một số nỗ lực nhằm cung cấp giao hoa tươi và đăng ký tạp chí trực tuyến. Các dụng cụ "người lớn" cũng có sẵn như xe hơi và xe đạp. Netscape 1.0 được giới thiệu vào cuối năm 1994, giao thức mã hóa SSL làm cho các giao dịch bảo mật hơn.
1995: Thứ năm, ngày 27 tháng 4 năm 1995, việc mua sách của ông Paul Stanfield, Giám đốc sản xuất của công ty CompuServe tại Anh, từ cửa hàng W H Smith trong trung tâm mua sắm CompuServe là dịch vụ mua hàng trực tuyến đầu tiên ở Anh mang tính bảo mật. Dịch vu mua sắm trực tuyến bắt đầu từ WH Smith, Tesco, Virgin/Our Price, Great Universal Stores/GUS, Interflora, Dixons Retail, Past Times, PC World (retailer) và Innovations.
1995: Jeff Bezos ra mắt Amazon.com và thương mại miễn phí 24h, đài phát thanh trên Internet, Radio HK và chương trình phát sóng ngôi sao NetRadio. Dell và Cisco bắt đầu tích cực sử dụng Internet cho các giao dịch thương mại. eBay được thành lập bởi máy tính lập trình viên Pierre Omidyar như là dạng AuctionWeb.
1998: Tem điện tử được mua bán và tải trực tuyến từ Web.
1998: Alibaba Group được hình thành ở Trung Quốc.
1999: Business.com bán khoảng 7.5 triệu USD cho eCompanies, được mua vào năm 1997 với giá 149,000 USD. Phần mềm chia sẻ tập tin ngang hàng Napster ra mắt. ATG Stores ra mắt các sản phẩm trang trí tại nhà trực tuyến.
2000: bùng nổ dot-com.
2001: Alibaba.com đạt lợi nhuận trong tháng 12 năm 2001.
2002: eBay mua lại PayPal với 1.5 tỉ USD.
2003: Amazon.com đăng tải bài viết lợi nhuận hàng năm.
2004: DHgate.com, công ty B2C giao dịch trực tuyến đầu tiên ở Trung Quốc được thành lập, buộc các trang web khác B2B bỏ mô hình "trang vàng".
2005: Yuval Tal sáng lập giải pháp phân phối thanh toán trực tuyến bảo mật.
2007: Business.com mua lại bởi R.H. Donnelley với 345 triệu USD.
2009: Zappos.com mua lại bởi Amazon.com với 928 triệu USD.
2010: Groupon ra báo cáo từ chối một lời đề nghị mua lại trị giá 6 tỷ USD từ Google. Thay vào đó, Groupon có kế hoạch đi trước với IPO vào giữa năm 2011.
2011: Quidsi.com, công ty cha của Diapers.com, được mua lại bởi Amazon.com với 500 triệu USD tiền mặt cộng với 45 triệu nợ và các nghĩa vụ khác. GSI Commerce, công ty chuyên tạo ra, phát triển và thực thi trang web mua sắm trực tuyến cho dịch vụ gạch và vữa trong kinh doanh, được mua lại bởi eBay với 2.4 tỉ USD.
2012: Thương mại điện tử và Doanh số bán lẻ trực tuyến của Mỹ dự kiến đạt 226 tỷ USD, tăng 12%so với năm 2011.