Thông tư nêu rõ các quy định trong áp dụng miễn, giảm tiền thuê đất, thuê mặt nước.
Theo đó, dự án đầu tư có sử dụng đất được xét miễn, giảm tiền thuê đất, thuê mặt nước là dự án được lập, thẩm định, phê duyệt theo quy định của pháp luật.
Dự án đầu tư được miễn, giảm tiền thuê đất gắn với việc cho thuê đất mới áp dụng trong trường hợp chủ đầu tư được Nhà nước cho thuê đất lần đầu trên diện tích đất thực hiện dự án hoặc được gia hạn thuê đất khi hết thời hạn thuê đất theo quy định của pháp luật về đất đai.
Dự án đang hoạt động mà được ưu đãi về miễn, giảm tiền thuê đất, thuê mặt nước nhưng mức ưu đãi (miễn, giảm thấp hơn) quy định tại Điều 19, Điều 20 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP thì được áp dụng mức miễn, giảm theo quy định tại Điều 19, Điều 20 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP cho thời hạn miễn, giảm còn lại.
Người được Nhà nước cho thuê đất chỉ được hưởng ưu đãi miễn, giảm tiền thuê đất sau khi làm các thủ tục để được miễn, giảm tiền thuê đất theo quy định. Trường hợp thuộc đối tượng được miễn, giảm tiền thuê đất nhưng người được Nhà nước cho thuê đất không làm thủ tục để được miễn, giảm tiền thuê đất thì phải nộp tiền thuê đất theo quy định của pháp luật. Trường hợp chậm làm thủ tục miễn, giảm tiền thuê đất thì khoảng thời gian chậm làm thủ tục không được miễn, giảm tiền thuê đất.
Trong quá trình quản lý, theo dõi, nếu các cơ quan nhà nước có thẩm quyền phát hiện người sử dụng đất đã được miễn, giảm tiền thuê đất, thuê mặt nước theo quy định tại Nghị định số 46/2014/NĐ-CP nhưng không đáp ứng các điều kiện để được miễn, giảm tiền thuê đất có nguyên nhân từ phía người sử dụng đất hoặc sử dụng đất không đúng mục đích đã được ghi tại quyết định cho thuê đất, hợp đồng thuê đất nhưng không thuộc trường hợp bị thu hồi đất theo quy định của pháp luật về đất đai thì cơ quan thuế xác định, báo cáo UBND cấp tỉnh (đối với tổ chức, người Việt Nam định cư ở nước ngoài, doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài) hoặc báo cáo UBND cấp huyện (đối với hộ gia đình, cá nhân) quyết định thu hồi số tiền thuê đất được miễn, giảm theo quy định về chính sách và giá đất tại thời điểm được miễn, giảm tiền thuê đất cộng thêm tiền chậm nộp tính trên số tiền thuê đất được miễn, giảm theo mức quy định của pháp luật về quản lý thuế.
Cũng theo Thông tư, việc giảm tiền thuê đất để sử dụng vào mục đích nông nghiệp, lâm nghiệp, nuôi trồng thuỷ sản, làm muối mà bị thiên tai, hoả hoạn làm thiệt hại được thực hiện như sau: Nếu thiệt hại dưới 40% sản lượng, được xét giảm tiền thuê đất theo tỷ lệ % tương ứng với tỷ lệ % thiệt hại.
Nếu thiệt hại từ 40% sản lượng trở lên, được xét miễn tiền thuê đất đối với năm bị thiệt hại.
Thông tư có hiệu lực thi hành từ ngày 1/8/2014