Gia nhập WTO có nghĩa là được quyền tiếp cận tới thị trường của tất cả các thành viên khác trên cơ sở đối xử MFN. Nhưng để được hưởng lợi nhuận này, các nước mới gia nhập cũng phải cam kết chấp nhận các nguyên tắc đa biên, đồng thời giảm mức bảo hộ của mình.
 1. Thuế quan:
WTO thừa nhận thuế quan (Thuế nhập khẩu) là công cụ hợp pháp duy nhất để bảo hộ các ngành sản xuất trong nước. Các hàng rào bảo hộ phi thuế phải được bãi bỏ. Có như vậy thuế quan mới trở thành biện pháp bảo hộ ít bóp méo thương mại nhất và cũng là biện pháp mang tính minh bạch hơn cả.
Thuế quan chia làm nhiều loại khác nhau. Thuế phần trăm là một số phần trăm nhất định trên giá trị hàng hóa nhập khẩu (ví dụ 5%). Thuế cụ thể quy định một khoản tiền cố định phải nộp trên một đơn vị hàng hóa (Ví dụ: 1.000 đồng/kg). Ngoài ra, còn có thuế thay thế có thể áp dụng hoặc thuế phần trăm hoặc thuế cụ thể tùy theo loại thuế nào cao hơn (Ví dụ: 5% hoặc 1.000 đồng/kg, tùy loại nào cao hơn). Trong khi đó, thuế kết hợp buộc người nhập khẩu phải trả cả hai loại thuế phần trăm và cụ thể (Ví dụ: 5% và 1.000 đồng/kg). Tuy nhiên, thuế phần trăm là loại thuế mang tính rõ ràng hơn cả nên được WTO khuyến khích dùng hơn các loại thuế khác. Trong các trường hợp áp dụng các loại thuế khác, cần phải đưa ra mức thuế phần trăm tương đương nhằm xác định được mức bảo hộ tương ứng.
Thuế quan phải được áp dụng trên nguyên tắc Tối huệ quốc (MFN) cho tất cả các thành viên WTO.
Một số phương thức kỹ thuật áp dụng cho các biện pháp thuế quan của WTO:
- Thuế hóa: Do tính dễ dàng và dễ đàm phán cắt giảm của thuế quan, các thành viên WTO thỏa thuận một cách thức mới cho việc tiếp cận thị trường nông sản là "chỉ sử dụng thuế quan". Các biện pháp hạn chế số lượng tồn tại trước Vòng Uruguay nay phải tiến hành "thuế hóa" tức là chuyển biện pháp phi thuế thành một mức thuế quan bổ sung có tác dụng tương đương. Trong nông nghiệp người ta còn sử dụng hạn ngạch thuế quan. Hạn ngạch thuế quan là cơ chế cho phép duy trì mức thuế suất thấp áp dụng với hàng nhập trong phạm vi hạn ngạch và mức thuế suất cao hơn đối với hàng hóa nhập khẩu vượt hạn ngạch. Mức thuế đạt được sau khi thuế hóa sẽ tiếp tục được ràng buộc và cắt giảm thông qua đàm phán.
- Ràng buộc thuế: Khi một nước thành viên cam kết "ràng buộc" về thuế suất với một dòng thuế, thành viên đó sẽ không được nâng thuế nhập khẩu cao hơn mức ràng buộc đó.
Đối với các sản phẩm nông nghiệp các nước thành viên cam kết ràng buộc thuế quan đối với toàn bộ các mặt hàng. Trong lĩnh vực công nghiệp, các nước phát triển ràng buộc thuế 99% số mặt hàng. Các con số tương ứng của các nước đang phát triển và các nước có nền kinh tế chuyển đổi là 73% và 98%. Các con số này đảm bảo mức độ tiếp cận thị trường an toàn hơn cho các nhà đầu tư và kinh doanh quốc tế.
Các mặt hàng không nằm trong Biểu cam kết sẽ phải chịu mức thuế suất ràng buộc. Tuy nhiên, ngay cả đối với các mặt hàng này vẫn phải tuân thủ nguyên tắc MFN.
- Cắt giảm thuế quan hơn nữa.
Sau khi ràng buộc thuế, các nước sẽ phải không ngừng cam kết cắt giảm thuế quan. Ví dụ tại Vòng đàm phán Uruguay, trong lĩnh vực nông nghiệp, các nước phát triển cam kết cắt giảm trung bình 36% tính gộp với tất cả các dòng thuế, cắt giảm tối thiểu 15% một dòng, tiến hành trong 6 năm kể từ 1/1995. Trong lĩnh vực công nghiệp, tuy không phải ràng buộc toàn bộ các dòng thuế nhưng xu hướng cắt giảm diễn ra mạnh mẽ "thuế quan theo ngành" và "hài hòa thuế quan". Thuế quan của tất cả các mặt hàng trong ngành cắt giảm theo các hình thức này có mức thuế suất rất thấp (thậm chí bằng 0%). Đó trước hết là sản phẩm công nghệ thông tin, dược phẩm, một số sản phẩm kim loại, gỗ, bột giấy....
2. Phi thuế
WTO thừa nhận thuế quan là công cụ bảo hộ hợp pháp sản xuất trong nước. Ngoài thuế quan ra, các hàng rào cản trở thương mại khác phải bị loại bỏ. Tuy nhiên, các thành viên khác có thể sử dụng các biện pháp phi thuế để hạn chế nhập khẩu trong những trường hợp cần thiết để đảm bảo an ninh quốc gia, văn hóa truyền thống, môi trường, sức khỏe con người...
- Hạn chế định lượng nhập khẩu: Các thành viên không được duy trì các biện pháp hạn chế định lượng như cấm, hạn ngạch mà không có lý do chính đáng theo đúng các quy định của WTO
- Doanh nghiệp có đặc quyền thương mại: Trong WTO, các doanh nghiệp được ban hành các đặc quyền thương mại gọi là các doanh nghiệp thương mại nhà nước dù cho chúng thuộc sở hữu nhà nước hay sơ hữu tư nhân. Ví dụ về các doanh nghiệp này là những doanh nghiệp thuộc loại "đầu mối" nhập khẩu, hay là những doanh nghiệp có khả năng tiếp cận tới các nguồn tài chính hay ngoại tệ.
WTO cho phép các thành viên duy trì doanh nghiệp thương mại nhà nước với điều kiện các doanh nghiệp này sẽ hoạt động hoàn toàn trên tiêu chí thương mại.
- Các vấn đề về trị giá tính thuế hải quan và các phụ thu tại cửa khẩu.
WTO quy định giá trị tính thuế hải quan là trị giá giao dịch (Trong giao dịch đơn giản thông thường là giá trị hợp đồng). Trong trường hợp không áp dụng được giá trị giao dịch thì phải sử dụng các cách tính khác, nhưng không được xác định giá trị tính thuế một cách tùy tiện, chẳng hạn sử dụng giá nhập khẩu tối thiểu để tính thuế.
Ngoài ra hải quan chỉ được thu các khoản phí và lệ phí tương ứng với các chi phí cần thiết cho thủ tục thông quan. WTO không cho phép thu các khoản phí và phụ thu vì các mục đích bảo hộ hay thu ngân sách.
- Thủ tục cấp phép nhập khẩu: WTO quy định cấp phép nhập khẩu phải đơn giản, rõ ràng và dễ dự đoán. Các chính phủ phải công bố thông tin đầy đủ cho các nhà kinh doanh biết giấy phép được cấp như thế nào và căn cứ để cấp. Khi đặt ra các thủ tục cấp phép nhập khẩu mới hay thay đổi các thủ tục hiện tại, các thành viên phải thông báo theo những quy định cụ thể cho WTO. Việc xét đơn nhập khẩu cũng phải tuân thủ các quy định chặt chẽ.
- Các biện pháp bảo vệ tạm thời: thuế chống bán phá giá, thuế đối kháng và hành động tự vệ khẩn cấp.
Việc ràng buộc thuế quan không được tăng và áp dụng chúng một cách bình đẳng với mọi đối tác thương mại (MFN) là công cụ chủ yếu để đảm bảo thương mại toàn cầu được tiến hành thuận lợi. Tuy nhiên, trong một số bối cảnh nhất định, WTO cho phép một nước thành viên có thể không tuân thủ các nguyên tắc này
Phá giá xảy ra khi một công ty xuất khẩu một sản phẩm với giá thấp hơn giá thông thường tại nước sản xuất. Không phải khi nào phá giá cũng tạo ra cạnh tranh không công bằng. Khi hành động phá giá gây thiệt hại nghiêm trọng cho một ngành sản xuất của một thành viên. WTO cho phép thành viên đó dặt ra thuế chống bán phá giá để khắc phục những thiệt hại do phá giá gây nên. Tuy nhiên, việc áp dụng thuế chống bán phá giá phải tuân thủ theo những thủ tục chặt chẽ và phức tạp.
Trợ cấp có thể được sử dụng để hỗ trợ cho một ngành sản xuất non trẻ vươn lên chiếm lĩnh thị trường hoặc vì các mục đích khác. Hầu như ngành nào cũng sử dụng trợ cấp. Tuy nhiên một số hình thức trợ cấp bị cấm trong WTO, đặc biệt là trợ cấp xuất khẩu nông sản. Khi hàng nhập khẩu được trợ cấp gây ra thiệt hại nghiêm trọng cho một ngành công nghiệp của một thành viên, thành viên có thể đặt ra thuế đối kháng để hại chế thiệt hại do hành động trợ cấp gây ra.
Khi nhập khẩu một mặt hàng nào đó tăng lên đột biến gây thiệt hại nghiêm trọng cho một ngành sản xuất, WTO cho phép các thành viên bị thiệt hại có thể sử dụng biện pháp tự vệ tạm thời kể cả hạn chế định lượng khác đẻ khắc phục thiệt hại do nhập khẩu gây ra. Nước áp dụng tự vệ khẩn cấp phải có nghĩa vụ thông báo về biện pháp mà mình đang áp dụng và tiến hành tham vấn với các nước bị ảnh hưởng.
3. Đầu tư
Cùng với quá trình phát triển của thương mại thế giới, dòng lưu chuyển vốn đầu tư cũng tăng không ngừng. Thực tế đã vượt xa tốc độ tăng trưởng thương mại giữa các nước. Cho đến nay, 1/3 thương mại trên thế giới là trao đổi giữa các công ty có liên hệ với nhau về sở hữu, hay nói một cách khác, 1/3 thương mại thế giới ngày nay gắn liền với đầu tư.
Cuối thập niên 40 khi xây dựng nên hệ thống thương mại đa biên, người ta cũng nghĩ đến cơ chế điều tiết đầu tư trên phạm vi toàn cầu. Tuy nhiên ý tưởng trên khi đó chưa thực hiện được.
Cho đến tận Vòng đàm phán Uruguay thì vấn đề đầu tư mới được đề cập như là vấn đề riêng trong WTO. Hiệp định các Biện pháp Đầu tư liên quan đến Thương mại (TRIMs) là một bước tiến lớn, mặc dù nhiều ý kiến cho rằng Hiệp định này chưa giải quyết thỏa đáng lợi ích của tất cả các nước, kể cả các nước phát triển hay đang phát triển.
Hiệp định TRIMs chỉ áp dụng cho thương mại hàng hóa mà không áp dụng cho các lĩnh vực khác. Hiệp định TRIMs cấm áp dụng một số biện pháp bị coi là vi phạm nguyên tắc "Đãi ngộ quốc gia" và các biện pháp có tác dụng hạn chế thương mại bao gồm:
- Các biện pháp bắt buộc hay điều kiện về quy định một "tỷ lệ nội địa hóa" đối với doanh nghiệp;
- Các biện pháp "cân bằng thương mại " buộc doanh nghiệp phải tự cân đối về khối lượng và trị giá xuất nhập khẩu, về ngoại hối....
Theo quy định của Hiệp định TRIMs, các nước có nghĩa vụ phải thông báo các biện pháp này và phải tiến hành loại bỏ trong vòng 2 năm đối với các nước đang phát triển, 5 năm đối với các nước đang phát triển, 7 năm đối với các nước chậm phát triển.
4. Hàng dệt may
Hàng dệt may là lĩnh vực các nước đang phát triển có lợi thế và là tiềm năng phát triển cao. Tuy nhiên, do đặc thù của ngành là sử dụng nhiều lao động, công nghệ tương đối dễ tiếp cận, quy mô thị trường lớn nên là đối tượng bảo hộ cao trong chính sách của các nước phát triển và các nước đang phát triển. Do vậy luôn có sự đấu tranh giữa các nước phát triển và các nước đang phát triển mà kết quả không phải lúc nào cũng có lợi cho các nước đang phát triển.
Trong quá khứ, các nước tiến hành các biện pháp nhập khẩu lan tràn. Từ năm 1974 cho đến trước vòng Uruguay, thương mại hàng dệt may được điều chỉnh bởi hiệp định Đa sợi (MFA). Theo hiệp định này, các nước (chủ yếu là các nước phát triển) có quyền thiết lập hạn ngạch hạn chế số lượng hàng nhập khẩu.
Việc áp dụng hạn ngạch đối với hàng dệt may là trái với các nguyên tắc cơ bản của WTO. Chính vì vậy, tại vòng đàm phán Uruguay, các nước đang phát triển đã đấu tranh giành thắng lợi trong việc thiết lập Hiệp định Dệt may(ATC) dẫn tới loại bỏ hạn ngạch cũng như tất cả các biện pháp hạn chế nhập khẩu đối với hàng dệt may. Hiệp định ATC quy định rõ lịch trình loại bỏ hạn ngạch và hạn chế số lượng theo 4 giai đoạn cụ thể, bắt đầu vào năm 1995 và hoàn thành vào 31/12/2004.
Để đảm bảo ATC được các nước thực hiện một cách nghiêm túc, WTO thiết lập hẳn một cơ quan giám sát hàng dệt.