Thủ tục hải quan xuất khẩu sản phẩm gia công thực hiện theo Quy trình thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu thương mại, trừ việc kiểm tra tính thuế. Đối với việc xuất khẩu sản phẩm gia công nếu áp dụng hình thức chuyển cửa khẩu thì thực hiện theo hướng dẫn tại quy trình nghiệp vụ quản lý hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu chuyển cửa khẩu. Đối với các lô hàng xuất khẩu phải kiểm tra thực tế hàng hóa, ngoài việc phải kiểm tra tên hàng, lượng hàng, chủng loại hàng hóa còn phải đối chiếu mẫu nguyên liệu lấy khi nhập khẩu do doanh nghiệp xuất trình với nguyên liệu cấu thành trên sản phẩm thực tế xuất khẩu; khi có nghi vấn, cán bộ hải quan đề xuất ý kiến trình lãnh đạo chi cục hải quan để có chỉ đạo xử lý, có thể trưng cầu giám định của cơ quan chuyên ngành để xác định. 
Quyết định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/8/2010; bãi bỏ Quyết định số 1179/QĐ-TCHQ ngày 17/6/2009 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan.