Đối với hành vi vi phạm về thiết lập Website Thương mại điện tử, được quy định tại Điều 81 Nghị định số 185/2013/NĐ-CP: Phạt tiền từ 5.000.000, đồng đến 30.000.000, đồng đối với một trong các hành vi vi phạm như: Không tuân thủ quy định về hình thức, quy cách công bố thông tin trên Website cung cấp dịch vụ TMĐT; Thiết lập Website TMĐT bán hàng mà không thông báo với cơ quan quản lý Nhà nước có thẩm quyền theo quy định; Thiết lập Website cung cấp dịch vụ TMĐT khi chưa được xác nhận đăng ký theo quy định; Gian dối hoặc cung cấp thông tin sai sự thật khi đăng ký Website cung cấp dịch vụ TMĐT; Và một số hành vi vi phạm khác.
Đối với hành vi vi phạm về thông tin và giao dịch trên Website TMĐT được quy định tại Điều 82 Nghị định số 185/2013/NĐ-CP: Phạt tiền từ 5.000.000 đồng đến 50.000.000 đồng đối với một trong các hành vi vi phạm như: Thiết lập Website cung cấp dịch vụ TMĐT hoặc Website cung cấp các dịch vụ trực tuyến khác mà không công bố thông tin minh bạch, đẩy đủ về quy trình, thủ tục chấm dứt hợp đồng theo quy định; Lừa đảo khách hàng trên Website TMĐT; Lợi dụng danh nghĩa hoạt động TMĐT để huy động vốn trái phép từ các thương nhân, tổ chức, cá nhân khác; Lợi dụng TMĐT để kinh doanh hàng giả, hàng hóa, dịch vụ xâm phạm sở hữu trí tuệ hoặc hàng hóa, dịch vụ cấm kinh doanh; Và một số hành vi vi phạm khác.
Đối với hành vi vi phạm về cung cấp dịch vụ TMĐT được quy định tại Điều 83 Nghị định số 185/2013/NĐ-CP: Phạt tiền từ 10.000.000 đồng đến 50.000.000 đồng đối với một trong các hành vi vi phạm như: Tổ chức mạng lưới kinh doanh, tiếp thị cho dịch vụ TMĐT trong đó mỗi người tham gia phải đóng một khoản tiền ban đầu để mua dịch vụ và nhận được hoa hồng, tiền thưởng hoặc lợi ích kinh tế khác từ việc vận động người khác tham gia mạng lưới; Không cung cấp thông tin và hỗ trợ cơ quan quản lý Nhà nước điều tra các hành vi kinh doanh vi phạm pháp luật trên Website cung cấp dịch vụ TMĐT; Và các hành vi vi phạm khác.
Ngoài các quy định trên, Nghị định 185/2013/NĐ-CP còn quy định các hành vi vi phạm về bảo vệ thông tin cá nhân trong hoạt động TMĐT (Điều 84) và hoạt động đánh giá, giám sát và chứng thực trong TMĐT (Điều 85). Bên cạnh hình thức xử phạt bằng tiền, đối với các hành vi tái phạm hoặc những hành vi vi phạm có tính chất nghiêm trọng có ảnh hưởng đến lợi ích xã hội, Nghị định quy định một số các hình thức xử phạt bổ sung như: Tịch thu tang vật, phương tiện được sử dụng để thực hiện hành vi vi phạm; Đình chỉ hoạt động TMĐT; Tước quyền sử dụng giấy phép hoạt động; Và một số biện pháp khắc phục hậu quả khác như: Buộc thu hồi tên miền “.vn”; Buộc nộp lại số lợi bất hợp pháp có được do thực hiện hành vi vi phạm; Buộc cải chính thông tin sai sự thật hoặc gây nhầm lẫn đối với hành vi vi phạm.
Bên cạnh đó tại điều 74 Nghị định số 174/2013/NĐ-CP ngày 13/11/2013 của Thủ tướng Chính phủ về việc quy định xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực bưu chính, viễn thông, công nghệ thông tin và tần số vô tuyến điện cũng quy định: Phạt tiền từ 100.000.000 đồng đến 140.000.000 đồng đối với hành vi lừa đảo trong TMĐT, kinh doanh tiền tệ, huy động vốn tín dụng, mua bán và thanh toán cổ phiếu qua mạng nhằm chiếm đoạt tài sản của tổ chức, cá nhân. Ngoài ra đối tượng vi phạm phải chịu một số hình thức xử phạt bổ sung như: Tịch thu tang vật, phương tiện được sử dụng để thực hiện hành vi vi phạm và một số biện pháp khắc phục hậu quả khác như buộc nộp lại số lợi bất hợp pháp có được do thực hiện hành vi vi phạm.
Trên thực tế hiện nay số lượng website TMĐT bán hàng rất lớn nhưng thuế thu được từ những hoạt động này lại rất ít ỏi, nhiều hoạt động bán hàng trên mạng là trốn thuế, không có hóa đơn chứng từ bán hàng và giấy tờ chứng minh xuất xứ hàng hóa. Một số doanh nghiệp, cá nhân chưa hoặc tuy có đăng ký tài khoản trên http://online.gov.vn nhưng sau đó lại không bổ sung hồ sơ để hoàn tất thủ tục thông báo/đăng ký nên cũng không được ghi nhận vào danh sách các website TMĐT đã thông báo, đăng ký với Bộ Công Thương.
Hoạt động TMĐT có đặc thù riêng, việc mua- bán không theo phương thức truyền thống là gặp mặt và thanh toán trực tiếp sẽ dễ dẫn đến nhiều vấn đề như hàng hóa có chất lượng và quy cách không đúng với cam kết của đơn vị bán hàng, tâm lý e ngại của một số người không tố cáo, phản ảnh các vi phạm cho các cơ quan quản lý Nhà nước nên việc quản lý hoạt động và xử lý hành vi vi phạm trong Thương mại điện tử còn gặp nhiều khó khăn. Để công tác quản lý về lĩnh vực Thương mại điện tử phát huy được hiệu quả hơn nữa trong thời gian tới, cùng với sự hoàn thiện hệ thống văn bản pháp quy Nhà nước và nâng cao hơn nữa trình độ cán bộ quản lý Nhà nước rất cần sự hợp tác, phản ánh của người tiêu dùng khi tham gia vào các giao dịch TMĐT.