Song song với các lợi ích rõ rệt, trước mắt cũng như lâu dài; Thương mại điện tử đã, đang, và còn tiếp tục đặt ra hàng loạt các đòi hỏi phải đáp ứng, và các vấn đề cần phải giải quyết, trên tất cả các bình diện bao gồm: doanh nghiệp, quốc gia và quốc tế. Những đòi hỏi của thương mại điện tử là một tổng thể của hàng chục vấn đề phức tạp đan xen vào nhau trong một mối quan hệ hữu cơ; và bao gồm:
1. Hạ tầng cơ sở công nghệ
Chỉ có thể tiến hành thực tế và một cách có hiệu quả thương mại điện tử khi đã có một hạ tầng cơ sở công nghệ thông tin đủ năng lực, bao gồm hai nhánh: tính toán (computing) và truyền thông (communications), hai nhánh này ngoài công nghệ thiết bị còn cần phải có một nền công nghiệp điện tử vững mạnh làm nền; và hiện nay đang có xu hướng đưa cả công nghệ bảo mật và an toàn vào cơ sở hạ tầng công nghệ của thương mại điện tử. Đòi hỏi về hạ tầng cơ sở công nghệ bao gồm hai mặt: một là tính tiên tiến, hiện đại về công nghệ và thiết bị, hai là tính phổ cập về kinh tế (đủ rẻ tiền để đông đảo con người có thể thực tế tiếp cận được).
2. Hạ tầng cơ sở nhân lực
Hoạt động thương mại, theo đúng nghĩa của chữ "thương mại" trong "thương mại điện tử", liên quan tới mọi người, từngười tiêu dùng đến doanh nghiệp, phân phối, Chính phủ, các nhà công nghệ, nên việc áp dụng thương mại điện tử tất yếu đòi hỏi đa số con người phải có kỹ năng thực tế ứng dụng công nghệ thông tin một cách có hiệu quả, có thói quen làm việc trên máy tính, trên mạng máy tính, và cần phải có một đội ngũ chuyên gia thông tin đủ mạnh.
3. Bảo mật, an toàn
Giao dịch thương mại qua các phương tiện điện tử, trong đó mọi dữ liệu (kể cả chữ ký) đều ở dạng số hoá, đặt ra yêu cầu nghiêm ngặt về tính bảo mật, an toàn, tránh mất tiền, lừa gạt, thay đổi thông tin, xâm nhập dữ liệu, v.v... là các rủi ro ngày một lớn, không chỉ với người buôn bán, mà cả với người quản lý, với từng quốc gia, vì các hệ thống điện tử có thể bị kẻ xấu (thường gọi là "hacker") xâm nhập, đòi hỏi phải có các hệ thống bảo mật, an toàn được thiết kế trên cơ sở kỹ thuật mã hóa hiện đại, và một cơ chế an ninh hữu hiệu (nhất là đối với các hệ thống có liên quan tới an ninh quốc gia). Ngoài ra, còn có nhu cầu ngày càng tăng vì giữ gìn bí mật riêng tư.
4. Hệ thống thanh toán tự động
Thương mại điện tử chỉ có thể thực hiện thực tế và có hiệu quả khi đã tồn tại một hệ thống thanh toán tài chính ở mức độ phát triển đủ cao, cho phép tiến hành thanh toán tự động (trong đó "thẻ thông minh") có vai trò đặc biệt quan trọng trong kinh doanh bán lẻ; khi chưa có hệ thống này, thì thương mại điện tử chỉ giới hạn trong khâu trao đổi tin tức, còn việc buôn bán hàng hóa và dịch vụ vẫn phải kết thúc bằng trả tiền trực tiếp hoặc qua các phương tiện thanh toán truyền thông; hiệu quả sẽ thấp, rất có thể không đủ bù đắp chi phí trang bị phương tiện thương mại điện tử.
5. Bảo vệ sở hữu trí tuệ
Giá trị của sản phẩm ngày nay tập trung ở "chất xám"; tài sản của con người, của quốc gia, đang quy dần về "tài sản chất xám", thông tin trở thành tài sản, và bảo vệ tài sản cuối cùng sẽ trở thành bảo vệ sở hữu trí tuệ. Vì thế trong việc truyền gửi các dữ liệu qua mạng nổi lên vấn đề bảo vệ sở hữu chất xám và bản quyền của các thông tin (hình thức quảng cáo, nhãn hiệu thương mại, cấu trúc cơ sở dữ liệu, các nội dung truyền gửi), ở các khía cạnh phức tạp hơn nhiều so với việc bảo vệ sở hữu trí tuệ trong nền kinh tế vật thể.
6. Bảo vệ người tiêu dùng
Bảo vệ người tiêu dùng là mục tiêu ngày càng được đề cao trong thương mại. Quy cách phẩm chất hàng hóa, và các thông tin liên quan trong thương mại điện tử đều ở dạng số hóa, nên người mua chịu rủi ro lớn hơn so với giao dịch thương mại vật thể; để bổ cứu, phải có cơ chế trung gian vá giám sát đảm bảo chất lượng, là một khía cạnh đang nổi lên trước thực tiễn rủi ro đang ngày càng gia tăng trong giao dịch thương mại điện tử, xâm phạm vào quyền lợi của người tiêu dùng.
7. Môi trường kinh tế và pháp lý
Mỗi một quốc gia, thương mại điện tử chỉ có thể tiến hành khi tính pháp lý của nó được thừa nhận (biểu hiện cụ thể bằng sự thừa nhận pháp lý giá trị của các giao dịch điện tử, chữ ký điện tử, chữ ký số hóa, các thanh toán điện tử, các dữ liệu có xuất xứ từ các cơ quan nhà nước, sở hữu trí tuệ hàm chứa trong thông tin trên Website, bí mật đời tư, và bảo vệ pháp lý đối với mạng thông tin chống tội phạm xâm nhập), và có các cơ quan xác thực hoặc chứng nhận chữ ký điện tử, v.v...; Ngoài ra, còn đòi hỏi mọi doanh nghiệp, hàng hóa và dịch vụ đều đã được mã hóa thống nhất; một hệ thống thuế thích hợp để xử lý các dữ liệu và các dịch vụ mua bán qua mạng; nói cách khác, đòi hỏi phải có một môi trường kinh tế đã tiêu chuẩn hóa ở mức cao, với các khía cạnh của thương mại điện tử được phản ánh đầy đủ trong quan hệ nội luật. Trên bình diện quốc tế, vấn đề môi trường pháp lý còn phức tạp hơn nữa, vì các trao đổi là xuyên quốc gia, đòi hỏi phải có sự hài hòa giữa các hệ thống pháp luật và hệ thống chính trị khác nhau.
8.Tác động văn hoá xã hội
Tác động văn hóa xã hội của thương mại điện tử xuất hiện khi sử dụng Internet làm công cụ giao tiếp, như khi tiến hành thương mại điện tử qua biên giới (với nước khác), hoặc nếu trong một quốc gia nhưng sử dụng Iternet, Web làm công cụ mạng. Internet có thể trở thành "hộp thư" giao dịch mua bán dâm, ma tuý, và buôn lậu; các lực lượng phản xã hội đưa lên Internet phim con heo, các tuyên truyền kích dục có mục đích đối với trẻ em, các hướng dẫn làm bom thư, làm chất nổ phá hoại, các loại tuyên truyền kích động bạo lực, phân biệt chủng tộc, kỳ thị tôn giáo, v.v...; Internet cũng có thể trở thành một phương tiện thuận lợi cho các lực lượng chống đối sử dụng để tuyên truyền, kích động lật đổ Chính phủ và hoặc gây rối làm loạn trật tự xã hội; ngoài ra phải tính tới tác động về cuốn hút thanh niên theo các lối sống không phù hợp với bản sắc văn hoá dân tộc (nếu chỉ làm thương mại điện tử trong nước, thông qua nối mạng các doanh nghiệp, sử dụng mạng quốc gia, mà không dùng Internet, thì không cần tính tới tác động tiêu cực này; nhưng nếu không lợi dụng Internet làm công cụ giao tiếp chung, mà thiết lập các mạng riêng thì không có tính kinh tế, và việc làm thương mại điện tử với nước ngoài sẽ bị hạn chế).
9. Lệ thuộc công nghệ
Hoa Kỳ đang khống chế toàn bộ công nghệ thông tin trên thế giới, cả phần cứng cũng như phần mềm (bao gồm phần mềm hệ thống và phần mềm ứng dụng), chuẩn công nghệ Internet, các phần mềm tìm kiếm và trình duyệt chủ yếu cũng là của Hoa Kỳ, Hoa Kỳ đã đi đầu và có nhiều thực tiễn về kinh tế số hóa và thương mại điện tử. Một khi thương mại được số hóa thì toàn thế giới sẽ chịu sự khống chế công nghệ Hoa Kỳ và các nước tiên tiến gần với Hoa Kỳ, là điều có thể đưa tới nhiều hệ quả.
Thương mại điện tử bao trùm một phạm vị rộng lớn các hoạt động kinh tế xã hội, và hạ tầng cơ sở của nó là một tổng hòa phức hợp của hàng chục mặt vấn đề; cho nên,tuyệt đối không nên nhìn nhận thương mại điện tử đơn thuần chỉ là việc dùng phương tiện điện tử để thực hiện các hành vi buôn bán truyền thống, mà nên hiểu rằng một khi chấp nhận và áp dụng thương mại điện tử thì toàn bộ hình thái hoạt động của một đất nước sẽ thay đổi, cả hệ thống giáo dục, cả tập quán làm việc và sinh hoạt hàng ngày.