Thương mại điện tử là một hoạt động kinh doanh mang lại hiệu quả cao, song một khi gặp rủi ro thì những thiệt hại đối với các doanh nghiệp kinh doanh trên mạng cũng không nhỏ.

Những sơ suất trong kỹ thuật của nhân viên như sự nhầm lẫn khi truyền dữ liệu, hay một động tác nhấp "chuột" vô tình... đều có thể làm cho toàn bộ dữ liệu của một thương vụ đang giao dịch bị xoá bỏ, hoặc những chương trình và những tệp dữ liệu đang lưu trữ mà doanh nghiệp dầy công thiết kế và xây dựng bị mất, gây thiệt hại nặng nề cho các doanh nghiệp về mặt tài chính.

Những yếu tố khách quan như máy hỏng hay thời tiết xấu, nghẽn máy... có thể làm tê liệt hoạt động của doanh nghiệp, hoặc tệ hại hơn là virus xâm nhập phá huỷ, đảo lộn toàn bộ cơ sở dữ liệu về khách hàng, đối tác, thị trường... được lưu giữ hay ăn cắp những thông tin tuyệt mật có thể làm mất đi cơ hội kinh doanh hoặc làm suy giảm nghiêm trọng uy tín của doanh nghiệp.

Các biện pháp phòng tránh rủi ro trong thương mại điện tử có nhiều, song có thể khái quát thành những biện pháp cơ bản, phổ biến sau đây:

Bảo mật trong giao dịch

Trong giao dịch thương mại nói chung, và giao dịch thương mại điện tử nói riêng, việc bảo đảm tuyệt đối sự bí mật của giao dịch luôn phải được đặt lên hàng đầu. Bằng không, doanh nghiệp có thể gặp những nguy cơ như nghe trộm, giả mạo, mạo danh hay chối cãi nguồn gốc...

Để đảm bảo sự bí mật trong giao dịch, người ta thường dùng những biện pháp sau:

a. Mã hoá dữ liệu

- Mã hoá khoá bí mật (Secret key Crytography): Mã hoá khoá bí mật hay còn gọi là mã hoá đối xứng, nghĩa là dùng một khoá cho cả hai quá trình "mã hoá" và "giải mã". Khoá này phải được giữ bí mật.

- Mã hoá công khai (Public key Crytography): Mã hoá công khai hay còn gọi là mã hoá không đối xứng. Phương pháp này người ta sử dụng hai khoá khác nhau, khoá công khai (Public key) và khoá bí mật (Private key). Khoá công khai được công bố, khoá bí mật được giữ kín.

b. Chữ ký điện tử

Sử dụng chữ ký điện tử nhằm đảm bảo tính toàn vẹn, duy nhất và không bị sửa đổi bởi người khác của dữ liệu trong giao dịch. Chữ ký điện tử là một công cụ bảo mật an toàn nhất hiện nay. Nó là bằng chứng xác thực người gửi chính là tác giả của thông điệp mà không phải là một ai khác.

Không những thế, khi chữ ký điện tử được gắn với một thông điệp điện tử thì đảm bảo rằng thông tin trên đường chuyển đi sẽ không bị thay đổi bởi bất kỳ một người nào ngoài người ký ban đầu. Mọi sự thay đổi dù nhỏ nhất sẽ đều bị phát hiện một cách dễ dàng.

Chữ ký điện tử có thể là chữ ký tự đánh từ bàn phím, một bản quét của chữ viết tay; một âm thanh, biểu tượng; một thông điệp được mã hoá hay dấu vân tay, giọng nói...

c. Phong bì số (Digital Envelope)

Tạo lập một phong bì số là một quá trình mã hoá một chìa khoá bí mật (chìa khoá DES) bằng khoá công khai của người nhận. Chìa khoá bí mật này được dùng để mã hoá toàn bộ thông tin mà người gửi muốn gửi cho người nhận và phải được chuyển cho người nhận để người nhận dùng giải mã những thông tin.

d. Cơ quan chứng thực (Certificate Authority- CA)

Cơ quan chứng thực là một tổ chức nhà nước hoặc tư nhân đóng vai trò là người thứ 3 đáng tin cậy trong thương mại điện tử để xác định nhân thân của người sử dụng khoá công khai. Sự xác nhận của CA về chữ ký điện tử, về lai lịch của người ký, thông điệp của người ký và tính toàn vẹn của nó là rất quan trọng trong giao dịch điện tử.

Cơ quan chứng thực có vai trò quan trọng, bởi trong thương mại điện tử, các bên tham gia không gặp mặt trực tiếp nhau và đôi khi không quen biết nhau nên rất cần có sự đảm bảo của người thứ 3.

Hệ thống bảo mật hiện nay đảm bảo độ an toàn rất cao, gần như là tuyệt đối, song việc thực hiện phụ thuộc vào trình độ cũng như thực trạng cơ sở hạ tầng tin học của các bên.