Quy tắc xuất xứ là những yêu cầu phải đạt được một tỉ lệ tối thiểu của hàm lượng nội dung trong nước/trong khu vực FTA có trong hàng hóa đang xem xét. Tỉ lệ này có thể khác nhau tùy theo nhóm hàng hóa và được xác định theo Hệ thống Thuế quan Hài hòa (HTS) phân loại hàng hóa.

Hầu hết các quy tắc xuất xứ liên quan đến 3 khái niệm cơ bản: “chuyển đổi dòng thuế”, “hàm lượng giá trị nội địa”, và “mức tối thiểu” (deminimis) của hàm lượng nội dung ngoài FTA. Các FTA sử dụng những khái niệm này nhằm yêu cầu các hoạt động sản xuất thực tế phải xảy ra trong khu vực thương mại tự do, và phải đáp ứng đủ tỉ lệ phần trăm các vật liệu và thành phần có xuất xứ FTA được sử dụng trong quá trình sản xuất ra hàng hóa muốn được hưởng ưu đãi. Bên cạnh 3 khái niệm này, còn một số tiêu chí khác cũng được sử dụng để xác định tính phù hợp xuất xứ của hàng hóa theo FTA.

Hàng hóa đáp ứng các quy tắc xuất xứ nhất định cho nhóm hoặc loại của chúng được coi là hàng hóa “xuất xứ” từ lãnh thổ FTA và vì thế có quyền được hưởng ưu đãi FTA đầy đủ. Tuy nhiên, việc xác định một loại hàng đáp ứng các quy định cụ thể về nguồn gốc đòi hỏi phải phân tích cẩn thận. Công việc này thường liên quan đến xác định chi phí sản xuất, phân loại HTS của tất cả các nguyên liệu và thành phần đầu vào, và có được báo cáo bằng văn bản của các nhà cung cấp đầu vào chứng minh rằng nguyên vật liệu mua có xuất xứ FTA. Ngoài ra, tất cả hồ sơ liên quan đến việc phân tích, bao gồm (nhưng không chỉ giới hạn ở) hóa đơn mua vật liệu, hồ sơ kiểm kê và mẫu vật liệu từ các nhà cung cấp cần phải được lưu giữ theo yêu cầu lưu trữ hồ sơ của FTA.

Sau cùng, các yêu cầu được hưởng ưu đãi thương mại thường bị kiểm toán bởi cơ quan thuế vụ hoặc hải quan của nước nhập khẩu. Điều này là cần thiết. Là vì các ưu đãi thương mại theo một FTA thường là sự miễn/giảm thuế và lệ phí đối với hàng hóa đủ điều kiện nhập khẩu từ các nước đối tác FTA, nên các cơ quan của nước nhập khẩu sẽ tìm cách xác minh những nguyên nhân làm giảm nguồn thu này của họ. Việc không thể cung cấp chứng cứ để có thể xác định một sản phẩm cụ thể đáp ứng đầy đủ các quy tắc xuất xứ FTA có thể dẫn đến vô hiệu hóa yêu cầu được hưởng ưu đãi và các bên liên quan phải trả các loại thuế hồi tố và lệ phí. Thêm vào đó, các khoản phạt hoặc chế tài bổ sung có thể áp dụng đối với DN và/hoặc hàng hóa khai sai hoặc khai gian xuất xứ để được hưởng ưu đãi thương mại.